Con la direzione scientifica della Dott.ssa Nora Lucentini, della Soprintendenza per i Beni Archeologici delle Marche, è stato previsto lo scavo stratigrafico di un paio di pozzi interrati per stabilire, mediante lo studio dei materiali recuperati all'interno del sedimento, l'epoca di chiusura del manufatto.
Spesso, in seguito alla cessazione dell'utilizzo di tali strutture per l'approvvigionamento idrico, in mancanza di un servizio di smaltimento organizzato dell'immondizia, esse divenivano delle vere e proprie discariche domestiche in cui eliminare tutto quanto ritenuto inutile o non più utilizzabile.
Pianificando l'attività di cantiere si è deciso di intraprendere lo scavo stratigrafico del pozzo tombato ubicato nella corte interna di un palazzetto gentilizio al civico n° 5 di Via dei Soderini (di proprietà del Sig. Cesare Celani). La scelta dello scavo di questa particolare struttura interrata è stata presa in seguito ad un sopralluogo effettuato nel mese di giugno 2008, per cui, oltre a riscontrare una certa antichità dell'edificio in cui il pozzo è localizzato (dall'analisi delle murature e della cartografia storica una probabile casa-torre medievale rimaneggiata più volte nei secoli successivi), si è ipotizzata una sua possibile chiusura contestualmente alla costruzione della cortina muraria che ha sigillato l'intercolumnio a Nord del cortile interno, inglobandone in parte la vera che si elevava sopra il piano di calpestio.

Per il secondo progetto di scavo, dopo non poche valutazioni delle alternative sul tappeto, si è deciso di procedere nel pozzo ubicato al centro del chiostro maggiore del complesso di San Francesco. Lo svuotamento del pozzo è stato eseguito operando anche qui uno scavo in modalità archeologica atta ad evidenziare ed a documentare le caratteristiche e i materiali specifici dei diversi riempimenti identificati e considerati come singole Unità Stratigrafiche. Tale metodologia di scavo ha permesso di identificare all'interno del pozzo sei Unità Stratigrafiche.
Lo svuotamento della struttura ha inoltre permesso di vedere ed analizzare la tecnica costruttiva interna. Nella porzione est della vera si segnalano all'interno dei mattoni messi a rinforzo dei pannelli in travertino costituenti la vera. I mattoni sono legati alla struttura con malta di cemento. Trattasi probabilmente di un veloce intervento di restauro di epoca moderna.
Attenendosi ai materiali reperti all'interno delle Unità Stratigrafiche individuate è risultata chiara una chiusura del pozzo in epoca moderna, al più tardi riferibile ai lavori di riassetto del chiostro e dell'intero complesso conventuale di San Francesco antecedenti la Seconda Guerra Mondiale.